Fattura elettronica alla clinica: il medico non deve più pagare un secondo programma (2026)

Due fatture diverse, due strade diverse

Come medico privato emetti due tipi di fattura che per il fisco non hanno niente in comune.

La prima è quella al paziente. Cartacea o PDF, mai via SdI: il divieto è strutturale dal 2025 e i dati vanno al Sistema Tessera Sanitaria. Ne abbiamo scritto in Fattura elettronica e prestazioni sanitarie: il divieto ora è definitivo.

La seconda è quella a un soggetto con partita IVA: la clinica dove fai ambulatorio, il poliambulatorio che ti riaddebita o ti paga i compensi, la società per cui fai la medicina del lavoro, il collega che ti chiede una consulenza. Qui vale la regola opposta. La fattura elettronica via Sistema di Interscambio è obbligatoria, con il file XML nel formato FatturaPA, il codice destinatario o la PEC del cliente, e la conservazione a norma per dieci anni.

Questo articolo riguarda solo la seconda. Se ti capita anche una volta al mese, sai già dove finisce: in un secondo programma.

Il secondo abbonamento che quasi ogni medico paga

Il gestionale medico tiene agenda, cartelle e fatture ai pazienti. La fattura alla clinica, invece, quasi sempre la fai altrove: Fatture in Cloud, Aruba, il portale gratuito dell'Agenzia, il commercialista. Due sistemi, due anagrafiche clienti, due numerazioni da tenere allineate, e a fine anno un registro da ricostruire a mano.

Il costo ha tre voci:

1. L'abbonamento del secondo programma. Sotto trovi i listini, letti il 21 settembre 2026.
2. Il tempo: ogni fattura B2B ricopiata da un sistema all'altro, ogni ricevuta di consegna da andare a cercare.
3. Gli errori: un numero saltato, una controparte con la partita IVA sbagliata, uno scarto dello SdI che nessuno ha visto perché la notifica è arrivata su una PEC che non apri.

Abbiamo deciso di togliere la prima voce del tutto e le altre due quasi.

Cosa fa Sanovia oggi

La fatturazione B2B è inclusa nel canone Studio, 39 € al mese, ed è in produzione da settembre 2026. Concretamente:

• Anagrafica controparti separata dai pazienti: cliniche, società, professionisti, con partita IVA, codice fiscale, codice destinatario a sette caratteri o PEC. Il sistema rifiuta un codice destinatario malformato prima che lo SdI lo scarti.
• IVA per riga con le nature corrette (le sole sottocategorie ammesse dal 2021: N2.1, N2.2, N4 e le altre), riepiloghi calcolati come li controlla lo SdI, al centesimo, senza arrotondamenti su virgola mobile.
• Marca da bollo calcolata come impone la norma sulle fatture elettroniche: sulle righe esenti o fuori campo, sopra i 77,47 €, dichiarata come bollo virtuale nel file. Se già usi Sanovia per i pazienti, la logica del bollo la conosci.
• File XML FatturaPA (formato FPR12) validato contro lo schema ufficiale dell'Agenzia, con i caratteri fuori standard corretti da soli: il simbolo dell'euro o un apostrofo tipografico in una descrizione bastano a far scartare un file, e li sistemiamo prima.
• Nota di credito (TD04) collegata alla fattura che rettifica, dallo stesso registro.
• Un solo registro: le fatture B2B entrano nella stessa numerazione delle fatture ai pazienti oppure, se lo preferisci tu o il commercialista, in un sezionale dedicato che imposti nel profilo fiscale. In entrambi i casi la serie è senza buchi e sta in un posto solo.
• Numerazione che continua: finché nell'anno non hai emesso un documento da Sanovia in quella serie, il numero della prossima fattura si imposta a mano. Passi a metà anno senza buchi e senza ricominciare da 1.
• Anche dal front desk della struttura: se lavori in una clinica su Sanovia, la segreteria emette lo stesso file dallo stesso motore, con la stessa numerazione.

Il passaggio che oggi resta a te è uno: scarichi il file e lo carichi sul portale Fatture e Corrispettivi dell'Agenzia delle Entrate, nella tua area riservata. Due minuti, gratis, nessuna firma digitale richiesta. Le fatture inviate così sono a tutti gli effetti fatture elettroniche.

Cosa stiamo chiedendo all'Agenzia delle Entrate

Quel passaggio a mano non ci piace, e non lo abbiamo risolto comprando un intermediario da rivenderti a canone.

Abbiamo chiesto all'Agenzia delle Entrate l'accreditamento di un canale SdI nostro, lo stesso tipo di collegamento che usano i grandi software di fatturazione. La richiesta è stata inviata a settembre 2026 ed è in lavorazione. Quando arriva:

• la fattura parte da Sanovia, con un clic, e lo stato la segue: inviata, consegnata, scartata, con il motivo dello scarto in italiano e non con il codice 00404;
• le ricevute dello SdI tornano dentro il registro, accanto al documento, senza cercarle in una casella PEC;
• la numerazione dei file la gestiamo noi, così due medici non possono mai collidere;
• in un secondo passo, la ricezione: un codice destinatario Sanovia da dare ai tuoi fornitori, così anche le fatture passive arrivano qui.

E per chi arriva da un altro programma, stiamo costruendo l'importazione dello storico: carichi i file XML del vecchio portale e Sanovia ricostruisce le fatture con il numero originale, crea le controparti e ti propone da che numero continuare. La guida passo passo comparirà dentro l'app, nella sezione Fiscale, quando l'importazione sarà attiva.

Non scriviamo un mese. Quando è attivo, lo leggi qui e nel registro, non in una newsletter.

Quanto costa: zero in più

Ecco i listini pubblici, letti il 21 settembre 2026 sulle pagine prezzi di ciascun fornitore. Se un sito non pubblica un numero, la cella lo dice. Comparazione tra fatti pubblicati, non giudizi.

Come leggere la tabella.

• Il confronto giusto non è Sanovia contro Aruba. Un medico non sceglie tra un gestionale e un programma di fatturazione: ha il gestionale e in più paga il programma di fatturazione. La riga che risparmi è quella del secondo abbonamento, qualunque sia.
• Il primo anno non è il prezzo. Fatture in Cloud e Fattura24 pubblicano un prezzo promozionale per dodici mesi e uno di rinnovo. Nella tabella ci sono entrambi.
• «+ IVA» compare dove il fornitore lo scrive. Sanovia pubblica in homepage i numeri di questa pagina.
• I gestionali medici che includono lo SdI esistono: ArzaMed lo elenca nel piano da 99 €/mese, AlfaDocs lo dichiara senza prezzo. La differenza è il canone in cui è compreso.

Quanto risparmi, in pratica

Prendi un medico in regime forfettario che fattura a due cliniche.

• Con Fatture in Cloud Forfettari paga 48 € + IVA il primo anno e 96 € + IVA dal secondo, più 1 € + IVA di gestione a rinnovo: circa 118 €/anno IVA compresa dal secondo anno, per 100 documenti.
• Se supera i 100 documenti o esce dal forfettario, il piano Standard costa 144 € + IVA: circa 176 €/anno.
• Con Aruba paga 29,90 € + IVA: circa 36 €/anno.

Con Sanovia la voce è 0 €, dentro i 39 € al mese che paghi già per agenda, cartella, fatture ai pazienti con Sistema TS e promemoria WhatsApp. Il risparmio va da qualche decina a qualche centinaio di euro l'anno a seconda del programma che lasci, ed è sicuro, perché il canone Sanovia non cambia se fai una fattura B2B al mese o trenta.

Il risparmio più grande non è in euro. È un sistema solo: una controparte inserita una volta, un registro, una numerazione, e il commercialista che scarica tutto da un posto.

Perché lo diciamo per primi, e con che parole

A quanto risulta dai listini pubblici letti il 21 settembre 2026, nessun gestionale medico con prezzo pubblico include la fattura elettronica B2B nel canone base a 39 € al mese, senza modulo e senza secondo abbonamento. I gestionali che la offrono la comprendono in canoni più alti o non pubblicano il prezzo. I programmi di sola fatturazione la fanno bene, ma sono un secondo programma.

Lo scriviamo così, con la data e il perimetro, perché è l'unico modo di dirlo che regge tra sei mesi. Se un fornitore pubblica una riga che ci contraddice, aggiorniamo questa pagina.

Onestà: cosa oggi non facciamo

• L'invio automatico non c'è ancora. Oggi carichi il file sul portale dell'Agenzia. Fatture in Cloud e Aruba inviano già con un clic: su questo, finché il nostro canale non è accreditato, loro sono avanti.
• La ricezione delle fatture passive non c'è ancora. Arriva con il canale, nel secondo passo.
• Fatture alla Pubblica Amministrazione (formato FPA12) e a clienti esteri: non supportate. Se fatturi a un'ASL come fornitore, per ora resta il programma che usi.
• Firma digitale: non la applichiamo. Per l'upload su Fatture e Corrispettivi non serve; se il tuo flusso la richiede, serve un certificato tuo.
• Ritenuta d'acconto, cassa previdenziale e dati di pagamento non sono ancora nel file. Oggi il file è completo per chi non applica ritenuta né rivalsa: il medico in forfettario, il medico ENPAM senza cassa in fattura. Se sei in regime ordinario e la clinica è sostituto d'imposta, la ritenuta va indicata nel tracciato e per ora quelle fatture restano sul programma che usi. Questi blocchi arrivano con il canale, e lo scriveremo qui.
• Le scelte fiscali restano tue e del commercialista: natura IVA della prestazione, regime, sezionale. Sanovia scrive nel file quello che imposti nel profilo fiscale; non decide al posto vostro.

Come si passa, senza rifare niente

1. Inserisci le controparti che fatturi (o aspetta l'importazione dello storico, che le crea da sola).
2. Nel profilo fiscale imposta il numero della prossima fattura uguale all'ultimo emesso più uno. Puoi farlo finché nell'anno non hai emesso nulla da Sanovia.
3. Se il vecchio programma faceva la conservazione per te, aderisci una volta a quella gratuita dell'Agenzia da Fatture e Corrispettivi, indicando una data di inizio retroattiva così entrano anche le fatture già emesse.
4. Emetti la prima fattura B2B da Sanovia, scarica il file, caricalo. Dalla prossima, con il canale accreditato, salti l'ultimo passo.
5. Disdici il secondo abbonamento dopo aver verificato, non prima.

Prova Sanovia 30 giorni, senza carta

La fatturazione B2B è nel canone Studio, 39 € al mese, contratto mensile, disdici quando vuoi. I prezzi sono quelli della homepage.

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Da leggere insieme: Fattura elettronica e prestazioni sanitarie: il divieto è definitivo · Marca da bollo sulle fatture sanitarie · Quanto costa un gestionale medico nel 2026 · PEC ed email dello studio dentro Sanovia